Exoma y paneles de NGS

NGS (Next-Generation Sequencing)

Combina el uso de tecnologías de secuenciación masiva paralela de ácidos nucleicos de última generación con la alta capacidad de computación para realizar el estudio del genoma humano y la anotación e interpretación clínica de las miles de las variantes genéticas que se detectan.

Abordaje coste-efectivo

Esta tecnología permite realizar un abordaje coste-efectivo de la secuenciación del genoma, algo completamente impensable hace unos años. En la actualidad es posible realizar la secuenciación de un genoma completo por una mínima fracción de lo que costaba hace diez años, lo que ha permitido acercar estos estudios genéticos de alta complejidad al público en general.

Equipo de profesionales

Todo ello no sería posible sin contar con un equipo de profesionales que realicen una adecuada interpretación clínica de cada una de las variantes detectadas. En Eurofins Megalab disponemos de un amplio equipo multidisciplinar de especialistas integrado por Médicos Genetistas, doctores en Biología, Bioinformáticos, licenciados en Ciencias de la Salud y técnicos expertos en Biología Molecular.

Abordajes para el estudio del genoma

En Eurofins Megalab disponemos de diferentes abordajes para el estudio del genoma humano en función del tamaño de la región secuenciada:

  • Estudio de paneles de genes mediante NGS
  • Análisis del exoma clínico (CES) mediante NGS
  • Análisis del exoma completo (WES) mediante NGS

Servicio personalizado

Eurofins Megalab pone a disposición del clínico un servicio completo que proporciona información personalizada, precisa y completa en cada caso y para cada paciente, un servicio integral de medicina de precisión.

Equipo multidisciplinar

En Eurofins Megalab disponemos de un amplio equipo multidisciplinar de especialistas integrado por Médicos Genetistas, doctores en Biología, Bioinformáticos, licenciados en Ciencias de la Salud y técnicos expertos en Biología Molecular.

El exoma humano

El genoma humano contiene unos 20.000 genes. El exoma es la parte codificante del genoma humano, aquella que da lugar a las proteínas, y que constituye del 1 al 2% de la totalidad del genoma.

Mediante el estudio del exoma se realiza un análisis basado en secuenciación nucleotídica de las regiones exónicas codificantes y sus secuencias intrónicas adyacentes, implicadas en el proceso del splicing. La mayor parte (más del 85%) de las mutaciones causantes de enfermedad que han sido identificadas hasta el momento se localizan en esas regiones exónicas.

La ventaja de la prueba de secuenciación del exoma
La mayor ventaja de la prueba de secuenciación del exoma es que permite examinar miles de genes simultáneamente, lo que aumenta mucho la capacidad diagnóstica. También se reduce la necesidad de realizar estudios secuenciales al paciente ya que, en el caso de un resultado negativo para una patología concreta, es posible ampliar el estudio a otros genes de interés
El principal inconveniente
El principal inconveniente es que, debido a la amplitud de este estudio, se generan una gran cantidad de variantes, muchas de ellas de significado clínico incierto, lo que hace imprescindible disponer de un análisis bioinformático adecuado de los datos obtenidos y de un equipo de genetistas con suficiente experiencia en el análisis e interpretación de estas variantes.

Más información

Estudio de paneles de genes mediante NGS

Mediante las técnicas de secuenciación masiva de nueva generación (NGS) es posible realizar el análisis simultáneo desde varias decenas a varios miles de genes: son los llamados paneles dirigidos.

Este tipo de estudios son los más adecuados en pacientes con una sospecha clínica clara y con genes candidatos bien caracterizados ya que permiten obtener una buena cobertura y una gran profundidad de secuenciación.

Sin embargo los paneles dirigidos presentan una serie de limitaciones:

  • Debido a los avances científicos, los genes vinculados a las patologías complejas están en continuo cambio por lo que, si es preciso ampliar el estudio a nuevos genes no incluidos en el panel en cuestión, sería necesario solicitar un nuevo estudio.
  • En el caso de que en el paciente aparezcan nuevas evidencias clínicas no sería posible ampliar el estudio a nuevos genes.
  • No es posible disponer de papeles de genes para todo tipo de patologías salvo aquellas con mayor recurrencia.

Para compensar las limitaciones de los paneles de genes es posible realizar estudios de exoma clínico o de exoma completo en pacientes con patologías definidas, mediante la creación de un panel virtual de genes, susceptible de ser reanalizado y ampliado en el futuro.

Análisis del exoma clínico (CES) mediante NGS

No todos los genes del exoma son genes mórbidos, asociados a patología: en la actualidad se han descrito unos 5.000 genes asociados a enfermedades mendelianas, cuyo estudio puede ser realizado a través del análisis del exoma clínico. Mediante este abordaje diagnóstico se realiza una aproximación al análisis del exoma basada en la selección de genes con significación clínica asociados al fenotipo del paciente.

El exoma clínico que realizamos en Eurofins Megalab incluye el estudio de 5.109 genes asociados a enfermedad, todos ellos curados y seleccionados por expertos de la Emory University y el Children’s Hospital of Philadelphia, a partir de evidencias de las principales bases de datos: HGMD (Human Gene Mutation Database), OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), ClinVar y el ACMG (American College of Medical Genetics).

Nuestro estudio cubre, entre otras, más de 3.000 enfermedades cardiovasculares, neurológicas, oncológicas, oftalmológicas, endocrinas, gastrointestinales, óseas, inmunológicas, metabólicas, reproductivas, nefrológicas, trastornos músculo-esqueléticos y trastornos dismórficos.

Este tipo de estudio es el más adecuado en pacientes con*:

  • Características clínicas distintivas
  • Historia familiar clara vinculada a una determinada patología
  • Patologías relacionadas con múltiples genes
  • Enfermedades genéticamente heterogéneas
  • Patologías con genes asociados bien definidos

*Xue Y et al. Solving the molecular diagnostic testing conundrum for Mendelian disorders in the era of next-generation sequencing: single-gene, gene panel, or exome/genome sequencing. Genet Med. 2015 Jun;17(6):444-51.

La secuencia completa obtenida en el estudio del exoma clínico queda almacenada, lo que permite la realización, de forma secuencial, de análisis adicionales al paciente, incrementando la tasa diagnóstica y reduciendo el coste y el tiempo de obtención de resultados.

Análisis del exoma completo (WES) mediante NGS

El análisis del exoma completo (WES) se basa en el estudio mediante técnicas de secuenciación nucleotídica de nueva generación de las regiones exónicas y sus secuencias intrónicas adyacentes de la totalidad de los genes descritos en el genoma, unos 20.000 genes.

El exoma completo que realizamos en Eurofins Megalab incluye el estudio de las regiones exónicas de la práctica totalidad de los genes descritos en el genoma humano, seleccionados a partir de los genes descritos en RefSeq, GENCODE, CCDS (Consensus Coding Sequence) y UCSC (University of California Santa Cruz), e incluye regiones exónicas de difícil captura.

Esta prueba está especialmente indicada en pacientes en los que la combinación de síntomas no permite a los especialistas médicos orientar un posible diagnóstico. En tales casos, ordenar una prueba genética concreta se convierte en una estrategia compleja y secuencial de diagnóstico que incrementa mucho el coste del estudio. Además, un diagnóstico tardío puede tener un impacto significativo en la calidad de vida del paciente.

Por lo tanto esta prueba está especialmente indicada en pacientes con*:

  • Fenotipo muy heterogéneo
  • Coexistencia de dos o más fenotipos no relacionados en el mismo paciente
  • Ausencia de un rasgo fenotípico clave en el momento de realización de la prueba
  • Fenotipo indistinguible, sin causa conocida

*Xue Y et al. Solving the molecular diagnostic testing conundrum for Mendelian disorders in the era of next-generation sequencing: single-gene, gene panel, or exome/genome sequencing. Genet Med. 2015 Jun;17(6):444-51.

Entre otras patologías, este abordaje diagnóstico se ha revelado especialmente útil en el estudio de:

  • Discapacidad intelectual/retraso del desarrollo
  • Autismo
  • Cardiomiopatías
  • Epilepsia
  • Distrofia Muscular
  • Ataxia y neuropatías
  • Trastornos óseos y del tejido conectivo
  • Trastornos metabólicos no diagnosticados
  • Talla baja
  • Trastornos dismórficos complejos
  • Inmunodeficiencias

La secuencia completa obtenida en el estudio del exoma completo queda almacenada, lo que permite la realización, de forma secuencial, de análisis adicionales al paciente, incrementando la tasa diagnóstica y reduciendo el coste y el tiempo de obtención de resultados.

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