La determinación de autoanticuerpos es de gran utilidad en el diagnóstico clínico. La inmunofluorescencia indirecta (IFI) sobre celulas Hep-2 es de utilidad en el diagnóstico de enfermedades tales como lupus, enfermedades del tejido conectivo, enfermedades hepáticas y otras enfermedades autoinmunes. La IFI sobre triple sustrato de rata (hígado, riñón y estómago) es la técnica más comúnmente utilizada para la identificación de anticuerpos antimitocondriales (AMA), antimúsculo liso (AML), antiLKM, antireticulina (ARA) y anticélulas parietales (ACP).
Para detectar anticuerpos antiendomisio, la IFI sobre esófago de mono es la técnica más utilizada, y es de gran utilidad en el diagnóstico y seguimiento de la enfermedad celíaca.